CSE 229 Βιοπληροφορική
Στόχοι Μαθήματος: Οι φοιτητές θα πρέπει να αφομοιώσουν τις απαραίτητες θεωρητικές και πρακτικές γνώσεις σχετικά με τις διάφορες πτυχές της βιοπληροφορικής. Εισαγωγή στην Εμβιομηχανική και στη Βιοπληροφορική. Στατιστική σημασία των αποτελεσμάτων ευθυγράμμισης. Αναζήτηση βάσεων δεδομένων για παρόμοιες ακολουθίες, αποτελεσματικότητα σχετικών αλγορίθμων. Στατιστική ανάλυση πειραματικών δεδομένων μικροσυστοιχίας DNA. Ειδικά θέματα περιλαμβάνουν, εμβιομηχανική και βιοϋλικά, βιοεπεξεργασία και τηλεϊατρική, βιοϊατρικά όργανα, επεξεργασία σήματος και τρόπους απεικόνισης. Εισαγωγή στην αναδυόμενη βιομηχανία ιατροτεχνολογικών προϊόντων. Απεικόνιση με υπερηχογράφημα, ακτινογραφία, αξονική τομογραφία, μαγνητική τομογραφία και τομογραφία εκπομπής ποζιτρονίων (PET). Ο ρόλος των ακτίνων λέιζερ στη χειρουργική. Ενδοσκόπηση και θεραπείες με τη βοήθεια ενδοσκόπησης. Καρδιακές συσκευές (π.χ. βηματοδότες). Αρχές του νευρικού συστήματος. Κατανόηση του ηλεκτροκαρδιογραφήματος, του ηλεκτροεγκεφαλογράμματος και του ηλεκτρομυογράμματος. Αρχές του νευρικού συστήματος. Κατανόηση του ηλεκτροκαρδιογραφήματος, του ηλεκτροεγκεφαλογράμματος και του ηλεκτρομυογράμματος. Αρχές ακτινοθεραπείας, τηλεματικής στην υγειονομική περίθαλψη. Θεραπευτικό υπερηχογράφημα και εφαρμογές θεραπειών με χρήση θερμικής ακτινοβολίας. Αλγόριθμοι στοίχισης ακολουθιών κατά ζεύγη και στοίχισης πολλαπλών ακολουθιών. Ταξινόμηση πρωτεϊνών και πρόβλεψη δομής.
Μαθησιακά Αποτελέσματα: Αποκτήστε ολοκληρωμένη γνώση των βασικών αρχών της βιοτεχνολογίας σε συνδυασμό με βασικές αρχές της μηχανικής σε προβλήματα που σχετίζονται με τη βιολογία και την ιατρική. Κατανόηση των βασικών λειτουργιών του ανθρώπινου σώματος και του τρόπου παραγωγής βιολογικών σημάτων. Εφαρμόστε βασικές αρχές μηχανικής για την ανάκτηση βιολογικών σημάτων και μεθόδους σε προβλήματα στη βιολογία και την ιατρική, την ενσωμάτωση της μηχανικής στη βιολογία και νέους τομείς στη βιομηχανία. Εισαγωγή στη βιοπληροφορική, με αλγόριθμους στοίχισης αλληλουχιών κατά ζεύγη και στοίχισης πολλαπλών ακολουθιών. Στατιστική σημασία των αποτελεσμάτων ευθυγράμμισης. Φυλογενετική πρόβλεψη. Επίσης αποκτήστε γνώσεις στην Αναζήτηση βάσεων δεδομένων για παρόμοιες ακολουθίες, αποτελεσματικότητα σχετικών αλγορίθμων. Ταξινόμηση πρωτεϊνών και πρόβλεψη δομής. Στατιστική ανάλυση πειραματικών δεδομένων μικροσυστοιχίας DNA. Ειδικά θέματα περιλαμβάνουν βιομηχανική και βιοεπεξεργασία βιοϋλικών και βιοϊατρική βιοϊατρική επεξεργασία σημάτων και εικόνας. Κατανόηση του τρόπου εφαρμογής και χρησιμότητας των σύγχρονων τεχνολογιών στην υγειονομική περίθαλψη. Κατανόηση βασικών αρχών προτύπων και μεθόδων αποθήκευσης ιατρικών δεδομένων. Κατανοήστε τις αρχές της απεικόνισης υπερήχων, ακτίνων Χ, CT, MRI και PET.
Περιεχόμενο Μαθήματος: Καλύπτονται τα ακόλουθα κεφάλαια: Ενότητα 1: Βασικά στοιχεία βιοϊατρικών σημάτων, συστημάτων και υπερήχων. Ενότητα 2: Εισαγωγή στη Βιοστατιστική και Στατιστική Ανάλυση Δεδομένων, Βιοϊατρικά Συστήματα Υγείας. Ενότητα 3: Πληροφοριακά Συστήματα Υγείας, MRI και πρότυπο DICOM & PACS. Ενότητα 4: Ιατρική Απεικόνιση (Επεξεργασία, Ανάλυση, Αξιολόγηση Ποιότητας), τεχνολογίες και εφαρμογές. Ψηφιακή ακτινογραφία. Ενότητα 5: Ανθρώπινος Εγκέφαλος, Ανατομία Εγκεφάλου, Νευρικό Σύστημα (ΚΝΣ), Ακτινογραφίες. Ενότητα 6: Ενδοσκόπηση, Καρδιά και λειτουργία και διαγράμματα, Ηλεκτροκαρδιογράφημα, Πίεση και λειτουργία. Ενότητα 7: Ιατρικές Μηχανές, ΗΕΓ, Πίεση αίματος, Πίεση αίματος, Συσκευές Ακτινοβολίας. Ενότητα 8: Τηλεϊατρική, τεχνολογίες και εφαρμογές. Ενότητα 9: Βιοϋλικά. Ενότητα 10: Βιοαισθητήρες και ανάλυση στατιστικών δεδομένων. Γιατί χρειαζόμαστε βιονικά; Ενότητα 11: Τρισδιάστατη εκτύπωση, Εισαγωγή στη μοριακή βιολογία, ανάλυση/αναπαράσταση. Φυσική ποικιλότητα και ποικιλία. Ενότητα 12: Θερμική κατάλυση, Θεραπεία, Τεχνικές.